Penyebab rendahnya mutu pendidikan di Indonesia antara lain adalah masalah efektifitas, efisiensi, dan standardisasi pengajaran. Hal tersebut masih menjadi masalah pendidikan pada umumnya. Adapun permasalahan khusus dalam dunia pendidikan yaitu :
- Rendahnya sarana fisik
Untuk sarana fisik misalnya, banyak sekali sekolah dan perguruan tinggi kita yang gedungnya rusak, kepemilikan dan penggunaan media belajar rendah, buku perpustakaan tidak lengkap. Sementara itu laboratorium tidak standar, pemakaian teknologi informasi tidak memadai dan sebagainya.
- Rendahnya kualitas guru
Keadaan guru di Indonesia juga amat memprihatinkan. Karena kebanyakan orang menjadi guru disebabkan oleh tidak diterimanya mereka di jurusan lain atau kekurangan dana. Bukan itu saja, sebagian guru di Indonesia bahkan dinyatakan tidak layak mengajar.
- Rendahnya kesejahteraan guru
Rendahnya kesejahteraan guru mempunyai peran dalam membuat rendahnya kualitas pendidikan Indonesia. Hal ini dibuktikan dengan pendapatan mereka yang minim. Idealnya seorang guru menerima gaji bulanan sebesar Rp 3 juta rupiah, namun sekarang pendapatan guru PNS per bulan sebesar Rp 1.5 juta, guru bantu Rp 460 ribu, guru honorer Rp 10 ribu per jam. Dengan pendapatan seperti itu, tentu saja banyak guru terpaksa melakukan pekerjaan sampingan. Seperti mengajar lagi di sekolah lain, memberi les pada sore hari, menjadi tukang ojek, pedagang mie rebus, pedagang buku/LKS, pedagang pulsa ponsel, dan sebagainya.
- Rendahnya prestasi siswa
Dengan keadaan yang demikian itu (rendahnya sarana fisik, kualitas guru, dan kesejahteraan guru) membuat prestasi siswa pun menjadi tidak memuaskan. Misal, dalam hal pencapaian prestasi fisika dan matematika siswa Indonesia di dunia internasional sangat rendah.
- Rendahnya kesempatan pemerataan pendidikan
Kesempatan memperoleh pendidikan masih terbatas pada tingkat Sekolah Dasar dan juga layanan pendidikan usia dini masih sangat terbatas.
- Rendahnya relevansi pendidikan dengan kebutuhan
Dalam rendahnya relevansi pendidikan dengan kebutuhan ini dapat dilihat dari banyaknya lulusan yang menganggur.
- Mahalnya biaya pendidikan
Mahalnya biaya pendidikan dari TK hingga Perguruan Tinggi membuat masyarakat miskin tidak memiliki pilihan lain kecuali tidak bersekolah. Karena untuk masuk TK dan SDN saja saat ini dibutuhkan biaya Rp 500.000, sampai Rp 1.000.000. Bahkan ada yang memungut di atas Rp 1 juta . Masuk SLTP/SLTA bisa mencapai Rp 1 juta sampai Rp 5 juta.
Untuk mengatasi masalah-masalah di atas, secara garis besar ada dua solusi yang dapat diberikan yaitu :
Pertama, solusi sistematik. Solusi dengan mengubah sistem-sistem sosial yang berkaitan dengan sistem pendidikan. Maka solusi untuk masalah-masalah yang ada khususnya yang menyangkut perihal pembiayaan seperti rendahnya sarana fisik, kesejahteraan guru, dan mahalnya biaya pendidikan dengan merubah sistem ekonomi yang ada. Mengganti sistem kapitalisme dengan sistem ekonomi Islam yang menggariskan bahwa pemerintah-lah yang akan menanggung segala pembiayaan pendidikan negara.
Kedua, solusi teknis. Solusi yang menyangkut hal-hal teknis yang berkaitan langsung dengan pendidikan. Maka solusi untuk masalah-masalah teknis dikembalikan kepada upaya-upaya praktis untuk meningkatkan kualitas sistem pendidikan. Rendahnya kualitas guru, disamping diberi solusi peningkatan kesejahteraan juga diberi solusi dengan membiayai guru melanjutkan ke jenjang pendidikan yang lebih tinggi, dan memberikan berbagai pelatihan untuk meningkatkan kualitas guru. Rendahnya prestasi siswa, diberi solusi dengan meningkatkan kualitas dan kuantitas materi pelajaran, meningkatkan alat-alat peraga dan sarana-sarana pendidikan dan sebagainya.